化学肥料は、土の種類や微生物の働きなどの影響をほとんど受けず、作物に直接作用するため、必要な時にすぐに効くという利点があります。しかし、その土壌にすむ微生物の餌にならないため、微生物が少なくなってしまいます。さらに、微生物を餌としているミミズなどの生物も暮らせない環境をつくってしまうのです。そのような環境になった土は固くなり、保水性がなくなった土、やせた土地とも呼ばれ、植物の育たない土地となります。やせた土地は、雨が降ると土砂が流れ出るので自然災害につながる、とも言われています。

だいたいの化学肥料は、大まかな栄養素で構成されています。肥料三要素である窒素（N）、りん酸（P）、カリウム（K）が中心に配合されています。モノによっては、二次要素であるカルシウム（Ca）、マグネシウム（Mg）、硫黄（S）も多少含まれています。しかし、本来の土には、必須微量元素である鉄（Fe）、マンガン（Mn）、ホウ素（B）、亜鉛（Zn）、モリブデン（Mo）、銅（Cu）、塩素（Cl）、ニッケル（Ni）や有用元素であるケイ素（Si）、ナトリウム（Na）、コバルト（Co）等も含まれています。ですから、化学肥料だけを与え続けていたのでは、土に偏りが生じます。これが障害を発生させる原因であると考えられています。