山林の樹木は、化学肥料を与えなくても生長しています。野菜作りの理想の土は、山の腐葉土です。土から木が育ち、葉や枝が地面に落ちて分解されて肥料となります。堆肥は、田畑で育った稲わら、もみ殻、野菜の葉やつる、茎をはじめ、落ち葉、樹皮（バーク）、おがくず、家畜の糞などを分解・熟成させて作ります。炭素を多く含む植物性のものは、分解・熟成に時間を要するため、ここで分解・熟成を促進させるために、窒素分として油粕や米ぬか等を使うこともあります。そうすることで土に空気が入り、微生物が活発に動いて畑の周りの生態系が回復し、ふかふかのベットの様な土ができあがります。畑に与えたものは土壌中にいる微生物が分解し、それを作物が養分として吸収します。化学肥料に比べて即効性は無いものの持続性があり、土壌中の微生物の餌となるため、土壌中の生物多様性を育てることにつながります。「作物に与えるのではなく、作物が育っている土の微生物に与えている」と考えるのがいいでしょう。有機栽培では、ぼかし肥料がよく使われます。ぼかし肥料とは、数種類の有機物を混ぜ、微生物によって分解・発酵させた肥料のこと。発酵前の有機物は作物の栄養となるまで時間がかかるという難点があります。また、有機物を直接田畑に撒くと、土壌の病原菌を増やし、病気の発生原因となってしまったり、土の中で有機物が発酵し、発酵熱によって作物の根が傷んでしまうなどの問題があります。ぼかし肥料は、有機物をあらかじめ発酵させておくことで、それらの問題を克服することができます。すべての農業の原点にある「土づくり」。土づくりが大事という考え方は、土中の微生物や生き物を生かすことであり、そこから発する地域の生態系を守ることにつながります。健康な土づくりができてこそ、農薬も化学肥料も必要がない有機栽培を続けることができるのです。